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首先，知识产权保护不力是影响制约转化运用的核心问题。知识产权保护不力严重降低创新收益的预期，从而降低创新投入和先进技术的引进。现行法律法规缺乏惩罚性规定，《专利法》规定专利侵权赔偿实行“填平原则”，《转化法》草案也规定对虚假欺骗转化行为实行“填平”原则，对权利人的保护力度较弱。知识产权实际侵权赔偿标准过低严重影响科技成果转化和创新的积极性。据统计，我国专利侵权实际赔偿额平均只有8万多元，商标只有7万元，著作权只有1.5万元，远低于一些发达国家的标准。
我国虽然建立了与世界一致的知识产权法律制度，但知识产权司法保护仍缺乏统一标准。在北京、上海、广州试点建设知识产权法院取得重大进展，但仍没有解决知识产权侵权审判标准不统一和赔偿标准不统一问题。同时，我国还缺乏高素质的专业化知识产权法官队伍，行政执法缺乏调查和法定处罚手段，而且行政与司法衔接不够。
第二，供需矛盾问题是影响制约转化运用的根本问题。科技成果不能有效转化，知识产权不能有效运用，其重要原因在于存在严重的供给与需求矛盾，这是一个根本性问题。高校和科研机构原始创新能力不足，重大科技成果和核心知识产权供给不足，不能满足企业需求。企业也存在创新能力弱，对科技成果和知识产权的需求不足的问题。但主要的问题是科技成果和知识产权供给不适应市场需求，很多科技成果和知识产权是国家战略、规划、工程、计划甚至是***指示的产物。
市场需求是科技成果转化和知识产权运用的根本动力，任何科技成果转化都必须识别市场需求和符合有效需求。实际上，现有的很多科技成果转化是通过合作或者委托研发合同方式进行的，如德国弗朗霍夫学会85%的研发资金来自于企业，需求导向的科技成果转化是主要的转化方式。
第三，缺乏有效转化运用模式是影响制约转化运用的突出问题。机构团队和能力是促进转化运用的重要条件，我国高校科研机构没有建立一家像发达国家那样，具有统一的知识产权管理、技术转移和投资功能的技术转移办公室。知识产权权利分散是制约转化运用的突出问题，国外一些基于技术标准的专利池或专利组合运营企业，为企业提供一揽子许可协议，极大提高了转化运用的效率，而我国没有一家专利池或专利组合的许可企业。产学研合作是转化和知识产权运用的重要途径，而我国创新联盟、技术联盟等并未从根本上解决知识产权的有机组合问题尤其是专利池或专利组合许可、共享与收益分配问题。信息和风险不对称是制约转化运用的客观问题，而我国科技中介机构大多是简单第三方模式，缺乏有效解决信息与风险不对称问题的手段和能力。创业难是制约转化效率的主要瓶颈，国际经验证明，知识产权转化的最好方式是对它进行投资，而我国绝大多数转化运用机构缺乏投资功能，投资基金又与转化运用机构分离，现有法律政策缺乏对科技成果和知识产权创业落地环节的支持。
第四，缺乏合理利益分配制度是影响制约转化运用的关键问题。促进科技成果转化和知识产权运用必须对职务发明人和所在单位同时进行有效的激励。国外高校科研机构的收益分配政策兼顾了各方积极性，职务发明人基本可以分得扣除成本后收益的1/3左右。然而，我国现有法律法规坚持合同优先原则，没有兼顾各方利益，没有规定奖励报酬上限，导致一些单位和地方给发明人的奖励比例过高，一些地方甚至高达95%，影响了单位转化科技成果的积极性，不利于转化运用组织机构、人才团队和能力建设。职务发明人的奖励和报酬实际上都是国有资产的流失，虽然一些法律允许给予职务发明人奖励和报酬，但这并不符合国有资产管理的本意，其根本原因在于没有建立根据职务发明人本职工作和实际贡献的职务发明权利共有制度。
第五，法律和政策规定不完善是制约转化运用的重要问题。我国转化运用的有关法律可操作性存在不足，原则性和上位性规定较多，缺乏实施细则，而且大量使用政策性语言，缺乏限制和规范性规定。科技法、知识产权法之间存在交叉重复和冲突问题，概念各不相同、知识产权处置权不一致，职务成果奖酬比例也不一致。我国缺乏有效促进转化运用的政策体系，财政投入政策用纯投入方式促进转化运用会扭曲市场。允许在科研项目经费中列支知识产权事务费的政策也不利于高校科研机构转化运用机构、团队和能力建设。战略性新兴产业、高技术产业、知识产权服务业增值税税率实际高于以往的营业税税率，高校科研机构技术转移收入营业税税收起征点过低，非职务成果转化收入一次性征收个人所得税的税负过高。缺乏支持转化运用的保险和再保险政策。自主创新政府采购政策2011 年废弃后，最重要的需求端创新政策陷入困境。将知识产权作为国有资产要求实现保值增值，而忽视了其维持成本和价值时效性，国有资产管理制度在价值评估、入股等方面均存在不少制度性障碍。简单化的科技评价导向机制导致大量低质量知识产权产生，国家科技计划等往往将知识产权数量作为验收指标，科技论文和知识产权数量已成为科研人员职称晋升与评聘的主要指标。
必须进行转化运用体制机制的综合改革
一是要从体系化高度完善科技法律制度。要对相关法律实行系统修改，法律规定之间应不交叉、不重复、不冲突。法律要坚持市场决定原则，规定面向市场需求的转化运用模式并引导发展。规定政府、高校和科研机构以及国有企业转化运用的责任、义务。提高法律规范性，增强法律规范、限制功能，增加程序性规定和处罚性规定，尤其要加大对虚假转移转化行为的惩处力度。及时制定法律实施细则，重点解决在法律中没有解决的制约科技成果转化和知识产权运用的突出问题。
二是构建完善促进转化运用的政策体系。系统设计促进转化运用投入政策，主要以贴息和后采购等完善科技成果转化资金的支持方式。要有意识采购一批国内外产业关键核心技术并推广应用。对战略性新兴产业、研发创意服务业实行低增值税税率，并提高高校科研机构技术转移收入应税起点额度。制定非职务发明人转化激励政策。将对新产品采购作为自主创新产品政府采购的替代政策，并恢复中小企业创新产品采购、首台首套采购和绿色采购。
三是推进转化运用组织机构、人才团队与能力建设。理工类大学和科研机构都应建立内部技术转移机构，支持将技术转移、知识产权管理和投资功能三合一。支持以技术标准为依托，以专利池或专利组合为主营业务的企业发展。支持有条件的科技中介发展第三方支付和担保功能。
四是加大对知识产权创业环节的支持。科技成果转化引导资金要加大对风投、保险和担保机构参与转化运用的支持。降低创新引导基金的政策门槛，发展专利混合质押贷款模式。制定支持转化运用的保险和再保险政策。
五是推动建立合理的科技成果转化收益分配制度。法律要坚持遵循兼顾合同和各方利益平衡原则，对做出实质性贡献的个人、部门和单位共享利益制度，建立相应的保障机制。探索建立职务科技成果知识产权按份共有制度。
六是引导加强产学研合作中的知识产权管理工作。完善产学研合作政策，明确专利池或专利组合构建中知识产权声明、许可、收益分配和管理的措施。
七是完善国有资产管理制度。应允许科技成果和知识产权价值评估有一定范围的浮动而不视为国有资产损失。主管部门要在备案中核查是否遵循了国内产业或中小企业优先原则。
八是完善科技评价制度。改革科技计划、能力评价、机构认定、人才选拔使用等知识产权评价政策，增加知识产权质量与转化运用指标，如专利实施率、许可合同数量与金额等。
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保护知识产权就是保护创新。
在全球化时代，自主创新能力已成为一个国家的核心竞争力。没有自主创新，就不能在激烈的市场竞争中占据优势，就可能受制于人。当前，不断加大知识产权保护力度，健全知识产权保护体系，建设以知识产权保护为基础的创新激励法制体系，已经成为加强自主创新能力建设的重要基础性任务。
知识产权保护可促使自主创新成果不断涌现。创新如果不能受到法律的保护、尊重与承认，创新积极性就无从激发，潜在的创新就无法变成实际的成果。只有当每个创新者都能从自己的劳动和投入中有所收获时，创新才能成为全社会积极追求的目标。
知识产权保护制度恰恰承认了创新者的劳动和投资，使创新成果得以产权化，通过法律的形式使创新者的身份得到确认、创新成果得到尊重、知识财富受到保护。
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知识产权战略是一些国家的长期发展战略。它在提升国家竞争力方面发挥了重要作用。1979年，美国政府提出“采取独立政策，增强国家竞争力，激发企业精神”，并首次将知识产权战略提升到国家战略高度。此后，知识产权战略已成为美国企业和政府的统一战略。美国对知识产权法进行了一系列修订和扩展。
1999年，美国国会通过了《发明人保护法》，2000年10月，参众两院通过了《技术转让商业化法》，进一步简化了联邦政府的科技成果的应用。另外，在国际贸易中，一方面通过其综合贸易法《特殊301条款》来压制竞争对手，另一方面积极推动WTO知识产权协议达成，从而形成了一套新的有利于美国的国际贸易规则。
与此同时，美国高度重视知识产权战略研究。例如，美国CchiResearch公司的专利记分牌系统，它利用文献计量分析来研究科学论文和专利指示器，已经被许多国家使用。
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